Pada awalnya, Universitas Muhammadiyah Malang mempunyai 3 (tiga) fakultas yaitu (1) Fakultas Ekonomi (2) Fakultas Hukum, dan (3) Fakultas Pendidikan dan Pengajaran (FPP) Jurusan Pendidikan Agama. Ketiga fakultas ini mendapat status Terdaftar dari Departemen Pendidikan dan Kebudayaan, Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi pada tahun 1966 dengan Surat Keputusan Nomor 68/B-Swt/p/1966 tertanggal 30 Desember 1966.

Pada tanggal 1 Juli 1968 Universitas Muhammadiyah Malang resmi menjadi universitas yang berdiri sendiri (terpisah dari Universitas Muhammadiyah Jakarta) yang penyelenggaraannya berada di tangan Yayasan Perguruan Tinggi Muhammadiyah Malang, dengan Akte Notaris R. Sudiono, No. 2 tertanggal 1 Juli 1968. Pada perkembangan berikutnya akte ini kemudian diperbaharui dengan Akte Notaris G. Kamarudzaman No.7 tanggal 6 Juni 1975, dan diperbaharui lagi dengan Akte Notaris Kumalasari, S.H. No.026 tanggal 24 Nopember 1988 dan didaftar pada Pengadilan Negeri Malang No. 88/PP/YYS/XI/1988 tanggal 28 Nopember 1988.

Pada tahun 1968, Universitas Muhammadiyah Malang menambah fakultas baru, yaitu Fakultas Kesejahteraan Sosial yang merupakan filial dari Fakultas Kesejahteraan Sosial Universitas Muhammadiyah Jakarta. Dengan demikian, pada saat itu Universitas Muhammadiyah Malang telah memiliki empat fakultas. Selain itu Fakultas Pendidikan dan Pengajran Jurusan Pendidikan Agama mendaftarkan diri sebagai Fakultas Agama yang berada dalam naungan Departemen Agama dengan nama Fakultas Tarbiyah.

Pada tahun 1970 Fakultas Tarbiyah ini mendapatkan status yang sama dengan Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (IAIN), dengan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 50 Tahun 1970. Pada tahun ini pula Fakultas Kesejahteraan Sosial mengubah namanya menjadi Fakultas Ilmu Sosial dengan Jurusan Kesejahteraan Sosial. Kemudian pada tahun 1975 Fakultas ini resmi berdiri sendiri (terpisah dari Universitas Muhammadiyah Jakarta) dengan Surat Keputusan Terdaftar Nomor 022 A/1/1975 tanggal 16 April 1975.

Fakultas yang kemudian dibuka pada tahun 1978 adalah Fakultas Teknik dengan nama Akademi Teknik Malang dan pengaktifan kembali Fakultas Ekonomi dengan program pendidikan Sarjana Muda bernama Akademi Akuntansi Muhammadiyah (AAM). Pada tahun 1980 dibuka Fakultas Pertanian dengan Program Studi Budidaya Pertanian, kemudian menyusul Fakultas Peternakan, 1987. Antara tahun 1983 sampai dengan tahun 2008 dibuka fakultas dan  program studi baru, serta peningkatan statusnya. Fakultas yang dibuka adalah Fakultas Kedokteran tahun 2001 dan Fakultas Ilmu Kesehatan tahun 2007 dengan dimulai berdirinya program studi Diploma Keperawatan tahun 1993. Adapun program studi yang dibuka adalah Program Studi Pendidikan Dokter, Program Studi Hubungan Internasional, Program Studi Teknik Informatika dan Program Studi Farmasi, S1 Ilmu Keperawatan dan Pendidikan S1 PGSD. Pada tahun 1993 Universitas Muhammadiyah Malang membuka Program Pascasarjana Program Studi Magister Managemen dan Magister Sosiologi Pedesaan, tahun 1996 membuka program pascasarjana Program Studi Magister Agama Islam, dan pada tahun 2004 menambah 3 (tiga) Program Studi, yaitu Program Studi Magister Agribisnis, Magister Kebijakan dan Pengembangan Pendidikan dan Magister Ilmu Hukum, serta tahun 2006 dibuka Magister Psikologi. Selanjutnya pada tahun 2007 dibuka Program Doktor Ilmu Sosial dan Politik.

Sampai tahun akademik 2009/2010 ini, UMM memiliki 12 Fakultas dengan:

§         32 program sarjana (S1)

§         7 program magister (S2)

§         1 program doktor (S3)

§         3 program diploma (D3)

§         4 program profesi.

Pada rentang empat puluh lima tahun perjalanan UMM ini (1964-2009) perkembangan yang paling pesat dimulai pada tahun 1983-an. Sejak saat itu dan seterusnya UMM mencatat perkembangan yang sangat mengesankan, baik dalam bidang peningkatan status Jurusan, dalam pembenahan administrasi, penambahan sarana dan fasilitas kampus, maupun penambahan dan peningkatan kualitas tenaga pengelolanya (administrasi dan akademik). 

Dalam pengembangan sarana fisik  dan fasilitas akademik, kini telah tersedia 3 buah kampus :

Kampus I     : Jl. Bandung No. 1 Malang 65113, Telp. (0341) 551253  Fax. (0341) 562124

Kampus II    : Jl. Bendungan Sutami No. 188 A 65145 Malang, Telp. (0341) 551149, 552443  Fax. (0341) 582060